Covid-19: n kehitys Brasiliassa: käytettävissä olevien tietojen tutkiminen

Kaikki käytetyt koodit ja tiedot ovat saatavilla Githubissa: https://github.com/gbazo/covid19

Kaikista kansallisista tiedoista ilmoitetaan IVIS-alustalla: http://plataforma.saude.gov.br/novocoronavirus/#COVID-19-brazil

Tämä artikkeli on kirjoitettu terveysministeriön raportista 16. maaliskuuta 2020

Wikipedian mukaan:

Koronavirussairaus 2019 (COVID-19) on tarttuva tauti, jonka aiheuttaa vakava akuutti hengitysoireyhtymä, koronavirus 2 (SARS-CoV-2). Tauti tunnistettiin ensimmäisen kerran vuonna 2019 Wuhanissa, Kiinassa, ja sen jälkeen on levinnyt maailmanlaajuisesti, johtaen koronaviruspandemiaan 2019–20. Maailman terveysjärjestön (WHO) mukaan yleisimmät oireet ovat kuume, väsymys ja kuiva yskä, kun taas Yhdysvaltain CDC: n mukaan tarkkaillaan kuumetta, yskää ja hengenahdistusta. Lihaskipu, ysköksentuotanto ja kurkkukipu ovat vähemmän yleisiä. Vaikka suurin osa tapauksista johtaa lieviin oireisiin, edistyminen jonkin verran vaikeaan keuhkokuumeeseen ja useiden elinten vajaatoimintaan. Kuolemien määrän diagnoositapausten lukumäärää kohti arvioidaan olevan 3,4%, mutta se vaihtelee iän ja muiden terveystilanteiden mukaan.

Analyysien tarkoituksena on jakaa tietoa ja tuottaa uusia oivalluksia.

WHO luokitteli uuden koronaviruksen tilan pandemiaksi, vahvistettiin 118 000 tapausta 114 maassa. Viimeksi tämä tapahtui vuonna 2009 H1N1-influenssassa.

Brasiliassa ensimmäinen tapaus todettiin 26. helmikuuta, ja terveysministeriön raportin (03/16) mukaan epäiltyjä on 2064, kielteisiä 1624, vahvistettuja 234 tapauksia ja kuolemantapauksia nolla. Tämän tiedon kehitys näkyy alla olevassa taulukossa.

Kaavio kaikista tapauksista tapahtumapäivän mukaan

Muutamina päivinä indikaattorit ovat nousseet huomattavasti, hallitus on jo kommentoinut tilannetta, koska ennaltaehkäisevät toimenpiteet keskeyttivät luokkia kouluissa ja yliopistoissa, ryhtyivät toimenpiteisiin talouden kannustamiseksi ja ovat antaneet suosituksia siitä, miten käyttäytyä tilanne.

Seuraavassa kaaviossa on mahdollista tarkkailla 234 tapauksen kehitystä ajan myötä ja päivittäin ilmoitettujen uusien tapausten määrää. Ilmeisesti huolimatta uusien tapausten huipusta, joka havaittiin 15. päivänä (ehkä poikkeava), kehitys on kasvanut vähitellen odotetusti, tämä on myönteistä, kun otetaan huomioon kansanterveysjärjestelmän kyky osallistua.

Kaikki 234 tapausta ja uusien tapausten lukumäärä päivässä

Alla oleva aikajana helpottaa uusien vahvistettujen tapausten havaitsemista ajan myötä.

Aikajana uusista tapauksista ilmoitetaan päivässä

Valtio, jossa tapauksia on eniten, on São Paulo, 152 (65%) vahvistetusta tapauksesta. Seuraava taulukko näyttää kaikkien Brasilian valtioiden nykytilanteen.

Yritetään ennustaa uusia tapauksia

Aikasarjan ennuste tehtiin käyttämällä profeettipakettia R: ssä. Tämä on menetelmä aikasarjadatan ennustamiseksi lisäainemallin perusteella, jossa epälineaariset trendit sopivat kausiluonteisuuteen. Profeetta on tukeva puuttuviin tietoihin ja siirtyy trendiin, ja käsittelee tyypillisesti poikkeavia.

Yritämme ennakoida uusien epäiltyjen ja vahvistettujen tapausten lukumäärä seuraavien 30 päivän aikana.

Ensimmäisessä mallissa esitetään epäillyt tapaukset, jos kehitys jatkuu, seuraavan 30 päivän aikana odotetaan 100 prosentin lisäystä, joka ylittää 4000 tapauksen määrän.

Epäiltyjen tapausten ennustaminen

Vahvistettujen tapausten kasvu tulee olemaan hiukan hitaampi, on odotettavissa, että 30 vuorokaudessa tapausten lukumäärä nousee 400: iin, kasvua 70%.

Vahvistettujen tapausten ennustaminen

Ennusteen tulos on ristiriidassa viruksen eksponentiaalisen luonteen kanssa, eikä sitä pidä käyttää päätöksenteon perusteena.

On tärkeää huomata, että analyysit perustuivat terveysministeriön viralliseen raporttiin, joka saatiin IVIS-foorumin kautta, saattaa olla eroja uutisten ilmoittamiin lukuihin.

Tämä artikkeli tehtiin mahdolliseksi tiedonkeruun ja tietokantojen jakamisen ansiosta.

Raphael Fontes on ystävällisesti kehittänyt tiedonpoimijan alustalle ja asettaa tiedot saataville Kagglessa.

Tietojoukko: https://www.kaggle.com/unanimad/corona-virus-brazil

Artikkeli: https://medium.com/mindstorm-%EF%B8%8F/coletos-e-armazenando-os-n%C3%BAmeros-de-casos-do-coronav%C3%ADrus-no-brasil-73c4f5909514

Ehdotukset ovat aina erittäin tervetulleita, kiitos!